Дослідження компонентів ефірних олій як потенційних дезінфікуючих засобів інгібіторів спайк глікопротеїну SARS-COV-2

UKR: У цій роботі ми поєднали дві мети: створення шаблону для побудови гомологічних моделей рецептор-зв’язуючого домену спайк глікопротеїнів різних варіантів SARS-CoV-2 та його практичне застосування для сканування природних сполук як потенційних дезінфікуючих засобів. Дев'ять варіантів SARS-CoV-2: Дикий тип, Альфа, Бета, Гамма, Дельта, Епсилон, Лямбда, Мю та Омікрон – стали об'єктом цього дослідження. Розглянуто природу взаємодії між білком ACE2 та рецептор-зв’язуючим доменом з метою виявлення критичних для зв'язування амінокислот. В якості прикладу, ряд активних інгредієнтів, які часто зустрічаються в традиційних китайських лікарських засобах, були оцінені за допомогою обчислень на предмет їхньої інгібуючої активності. Результати, отримані в цьому дослідженні, свідчать про те, що метод гомологічного моделювання, випробуваний тут, може бути успішно використаний, коли 3D-структури ще недоступні. Розроблений підхід може бути використаний для моделювання мутантів, кристалічна структура яких ще не відома, та сканування більш широкої бібліотеки сполук проти інших мутованих вірусних білків.

ENG: SARS-CoV-2, deadly virus first reported in 2019 rapidly spread around the globe causing COVID-19. To control the proliferation of the vires governments took measures such as disinfections of public places, mask mandates and social distancing. As a result of a mass disinfection of public places, large amounts of various disinfectants were continuously released into the waste waters causing significant impact on the environment. This large-scale pollution of ground waters, and a possible environmental crisis, led the scientific community towards developing alternative, eco-friendly, and biodegradable products for disinfection. Due to the relatively large mutation rate of SARS-CoV-2 virus, it became crucial to become proactive with the utilization of research approaches, hence, the theoretical investigation appeared to be the best course of action. Thus, in this work, we combined two aims: first, creating the benchmark for building efficient homology models of spike glycoproteins receptor-binding domain from different SARS-CoV-2 variants; and the second aim, being a practical application, scanning a database of natural compounds as potential disinfectant products.